Hvert år bliver i tusindvis syge på grund af fødevareoverførte sygdomsfremkaldende mikroorganismer som salmonella og især campylobacter. Fødevaresikkerheden er dog generelt høj i Danmark ikke mindst pga. et godt samarbejde mellem forskere, myndigheder og fødevareindustrien.
DTU Fødevareinstituttets forskning og rådgivning omfatter at overvåge udviklingen i forekomsten af sygdomsfremkaldende mikroorganismer, deltage i eftersporingen af udbrud, udvikle hurtige analysemetoder og modeller til at forudsige vækst, overlevelse og inaktivering samt strategier til at forhindre mikroorganismerne i at nå frem til forbrugerne gennem fødevarekæden. Instituttet har også stor fokus på global spredning af sygdomsfremkaldende mikroorganismer og sygdomsbyrdestudier.