Genetisk Epidemiologi

Forskningsgruppen for Genetisk Epidemiologi muliggør global opsporing, forudsigelse og forebyggelse af infektionssygdomme fra genniveau til global skala, med specifikt fokus på antimikrobiel resistens (AMR) og bakterielle patogener. Gruppen integrerer mikrobiologi, bioinformatik og epidemiologi og er blandt de førende i verden indenfor sekvensbaseret overvågning med fokus på anvendelsen af sekventerings teknologier til diagnostik, forudsigelse af antimikrobiel følsomhed og overvågning af patogener og mikrobiomer.

Tilgange og metoder

• Sekvensbaseret overvågning: helgenomsekventering (WGS) og metagenomisk sekventering til diagnostik, antimikrobiel følsomhedstestning, udbrudsopklaring og overvågning på befolkningsplan.
• Patogener og AMR: genomiske analyser af bakterielle patogener og resistomer, genotype-fænotype-kobling samt evidensbaserede værktøjer til påvisning og fortolkning af AMR.
• Bioinformatiske pipelines og muliggørende teknologier: Udvikler og opretholder brugervenlige online-værktøjer og skalerbare arbejdsgange for frontlinjelaboratorier.
• Fylogenomik og fylodynamik: undersøger, hvordan smittestoffer er beslægtede, og hvordan de spreder sig, ved at sammenligne deres arvemateriale og koble det med smittetal og forhold i omgivelserne (f.eks. klima). På baggrund af disse data bygger gruppen modeller, der kan forudsige, hvordan et udbrud sandsynligvis vil udvikle sig.
• Mikrobiom- og transmissionsdynamik: overvågning på tværs af værter, fødevarer og miljø for at spore fremkomst, transmissionsveje og hotspots.
• Prøvetagningsstrategi fra genniveau til global skala: målrettet hotspot-prøvetagning og integration af globale datasæt for at forstå selektion, transmission og spredning.

Samarbejder og effekt

Gruppen bruger helgenom- og metagenomisk sekventering i diagnostik, antimikrobiel følsomhedstestning og overvågning, og den omsætter forskningen til myndighedsrådgivning og uddannelse og samarbejder med nationale og internationale myndigheder og programmer. 

I stigende grad fokuserer gruppen på muliggørende teknologier – robuste, delbare bioinformatiske pipelines og laboratoriemetoder – samtidig med at den styrker basal laboratorieforskning, der forklarer globale observationer. Denne tilgang understøtter hurtige, reproducerbare analyser og styrker beslutningsgrundlaget i det globale samfund.