Onlineinfrastrukturen Global Pathogen Analysis Platform (GPAP) er støttet af Novo Nordisk Fonden med op til 200 millioner kroner over de kommende seks år, og arbejdet begynder 1. januar 2026. GPAP er ledet af DTU Fødevareinstituttet, der har en lang historik indenfor sygdomsforebyggelse og smittesporing.
”GPAP vil være åben for alle lande og institutioner i verden, men handler primært om at gøre lav- og mellemindkomstlande uafhængige i overvågningen og forebyggelsen af smitsomme infektionssygdomme. DTU Fødevareinstituttet har flere årtiers erfaring, når det gælder overvågning af sygdomsfremkaldende mikroorganismer og smittesporing, og vi glæder os utroligt meget til at være væksthus for den nye, globale onlineinfrastruktur,” siger institutdirektør i DTU Fødevareinstituttet, professor Tine Rask Licht.
Instituttet udgiver de årlige overvågningsrapporter om zoonoser, henholdsvis antibiotikaforbrug og -resistens (DANMAP), og har bidraget stærkt til, at Danmark er blevet rollemodel for andre lande på One Health-området - ikke kun i Europa, men også globalt i f.eks. Afrika og Asien.
Onlineinfrastrukturens succes måles i fraværet af pandemier
GPAP skal tilbyde støtte til de mange eksperter, der verden over arbejder med sporing af smitsomme infektionssygdomme, faciliteret igennem den gratis onlineinfrastruktur for forskere og sundhedspersonale fra lav- og mellemindkomstlande.
”Opgaven bliver at hjælpe med at lukke og slukke en helt masse små sygdomsudbrud, før de bliver til epidemier eller pandemier. Vi kan ikke give en aktiv hjælp i forhold til de tusindvis af daglige udbrud og hændelser, der er rundt om i verden. Men ved at skabe onlineinfrastrukturen og tilbyde gratis adgang kan vi gøre dem, der her ansvaret i lav- og mellemindkomstlande, stærkere,” siger professor Henrik C. Wegener, tidligere rektor for Københavns Universitet og leder af GPAP ved DTU Fødevareinstituttet.
Succesen skal derfor delvist måles på det, der ikke sker – nemlig fraværet af pandemier.
Henrik C. Wegener, der også er tidligere institutdirektør for DTU Fødevareinstituttet (2006-2011) og prorektor på DTU (2011-2017), var i 1990’erne en drivende kraft bag nutidens forståelse af sammenhængen mellem dyr og menneskers helbred og blev i 1994 den første leder af Dansk Zoonosecenter, der i 2007 blev integreret i DTU sammen med Fødevareinstituttet.
I dag er One Health-begrebet, der handler om, at menneskers sundhed hænger tæt sammen med miljøet og sundhed hos dyr, veletableret verden over. Forebyggelse og bekæmpelse af sygdom hos mennesker hænger dermed uløseligt sammen med fødevarer, som DTU Fødevareinstituttet har fokus på, bl.a. i arbejdet med fødevaresikkerhed, sygdomsbekæmpelse og antibiotikaresistens i en række internationale fora.
GPAP skal opdage pandemier i samskabelse med brugerne
Evnen til at opdage pandemier via GPAP skal bygge på mange små, lokale handlinger over hele verden, hvor f.eks. sundhedspersonale eller forskere kan uploade og få analyseret DNA-sekvenser fra potentielt smitstof (bakterier, vira eller svampe). Når en genetisk sekvens bliver indlæst, skal softwaren identificere, hvilken organisme den stammer fra, og sammenligne med kendte genetiske mønstre. På den måde kortlægges slægtskaber og potentielle sundhedsrisici. Systemet skal fungere til både forskning og sygdomsovervågning, hvor data om tid, sted og symptomer kan kobles med genetiske fund for at opdage mønstre og begyndende udbrud – og det omfatter mikroorganismer og sygdomme hos dyr, mennesker og planter.
”GPAP vil tilbyde brugerne af onlineinfrastrukturen at bevare fuld kontrol over deres egne data. Informationerne er ofte politisk og kommercielt følsomme, og derfor er muligheden for anonymitet en forudsætning for tillid og deltagelse. Erfaringerne fra COVID-19 har vist, hvor vanskeligt det er at dele sundhedsdata, når oplysninger kan true nationale interesser,” siger Henrik C. Wegener.
Bygger på onlineressourcer til karakterisering af sygdomsfremkaldende mikroorganismer
Udover Henrik C. Wegener er professor Frank Møller Aarestrup og professor René S. Hendriksen fra DTU Fødevareinstituttet en del af ledelsesteamet i GPAP. De to professorer leder henholdsvis Forskningsgruppen for Genetisk Epidemiologi og Forskningsgruppen for Global Kapacitetsopbygning.
Forskningsgruppen for Genetisk Epidemiologi har med Frank Møller Aarestrup i spidsen stået bag udviklingen af de onlineinfrastrukturer, som bliver grundressourcer for det nye GPAP. Det er gratis værktøjer, der kan hjælpe med at forstå og overvåge bakterier ved hjælp af deres DNA.
De første onlineværktøjer blev etableret i 2011, og i dag tilbyder gruppen 37 forskellige løsninger, der tilsammen analyserer ca. 1.000 bakteriegenomer hver dag. Baggrunden for at fokusere på online bioinformatik er, at det er en af de væsentligste flaskehalse for en øget anvendelse af genomsekventering til overvågning og deling af data globalt.
De tilgængelige onlineværktøjer inkluderer f.eks. PathogenFinder og Resfinder.
PathogenFinder blev etableret i 2014 til at forudsige, om en bakterie kan være sygdomsfremkaldende for mennesker. Programmet analyserer bakteriens DNA og sammenligner det med kendte sygdomsfremkaldende bakterier. Ud fra analyserne beregner PathogenFinder en sandsynlighed for, om bakterien kan give sygdom.
ResFinder blev lanceret i 2012 og kan finde ud af, om en bakterie indeholder gener, der gør den resistent over for antibiotika. Programmet sammenligner bakteriens DNA med en stor database af kendte resistensgener og viser, hvilke typer antibiotika bakterien sandsynligvis ikke vil reagere på. ResFinder bruges af forskere og laboratorier over hele verden til at overvåge spredningen af antibiotikaresistente bakterier hos mennesker, dyr og i miljøet.
”GPAP bliver en overbygning til de open source-systemer, som DTU Fødevareinstituttet tidligere har udviklet. Det kan lade sig gøre nu, fordi nye genomteknikker gør det muligt at overvåge patogener i dyr, mennesker og miljøet med en meget stor detaljeringsgrad og på befolkningsniveau ved f.eks. at overvåge spildevand. Dertil kommer, at AI er kommet på banen og kan tilføje en ny dimension, så brugerne ikke blot får et analyseresultat, men også forslag til at handle ud fra resultatet,” siger professor Frank Møller Aarestrup.
Platformen skal give et overblik over, hvad resultaterne betyder, hvordan man kan bruge dem, og hvor man kan sætte ind. Så det er en støtte til at gøre noget, som er superkomplekst, let tilgængeligt for brugerne, som ikke nødvendigvis er specialister.
Stort netværk til dem, der opsporer sygdom
DTU Fødevareinstituttet spiller en central rolle i det internationale landskab for sygdomsforebyggelse. Forskningsgruppen for Global Kapacitetsopbygning arbejder med at styrke den globale overvågning af smitsomme mikroorganismer og antimikrobiel resistens ved at udvikle og implementere metoder og vejledninger samt kvalitetssikre laboratorieresultater, der bruges til overvågningen i netop lav- og mellemindkomstlande. DTU Fødevareinstituttet er udpeget som referencelaboratorie for antibiotikaresistens for WHO, FAO samt EU.
Forskningsgruppen er dermed en nøglespiller i den globale indsats mod sygdomsudbrud og antimikrobiel resistens og har et stort netværk i lav- og mellemindkomstlande, der ofte mangler avanceret teknisk ekspertise og laboratoriekapacitet indenfor helgenomsekventering og resistensovervågning.
”Midler til at opbygge og understøtte laboratoriekapacitet i lav- og mellemindkomstlande er ofte projektbaserede og tidsbegrænsede, hvorfor landene på sigt selv er nødt til at bidrage ved at hoppe med på toget og få overvågningskapaciteten varigt integreret i deres sundhedssystemer. Med GPAP håber vi netop at kunne skabe en stabil og gratis ressource, som vil betyde, at landene har en tilgængelig kapacitet at trække på,” siger professor René S. Hendriksen.
