Brug af helgenomsekventering, hvor sygdomsfremkaldende mikroorganismers DNA-profil afdækkes på én gang, vil i fremtiden gøre det muligt at spore udbrud af fødevarebårne sygdomme og finde kilden. DTU Fødevareinstituttet arbejder på at få oprettet globale databaser, som kan fremme intelligent brug af data fra helgenomsekventering.
Mediedebatten om fødevarebårne udbrud går ofte på forenklede beskrivelser af farlige fødevarer, og at ingen skrider ind for at gøre noget. Det er dog ikke tilfældet. I et udbrud af Salmonella enteritidis i 2014, der ramte flere europæiske lande, blev kilden til udbruddet identificeret ved brug af helgenomsekventering – en metode, der afdækker en mikroorganismes totale DNA-profil på én gang. Det er blot ét eksempel på arbejdet med at opspore udbrud og forhindre folk i at spise inficerede fødevarer.
Brug af helgenomsekventering i danske laboratorier
I august 2014 ramte et listeriaudbrud overskrifterne i Danmark. Udbruddet, der brød ud i november 2013 og fortsatte i flere måneder, gjorde mindst 38 mennesker syge og 16 døde. Når den begivenhed blev bekræftet som et udbrud, skyldes det blandt andet danske laboratoriers brug af helgenomsekventering til at sammenligne listeriaisolater fundet i mennesker med bakteriestammer fundet i fødevarer. På den måde kunne udbruddet forbindes til en fødevarekilde.
Ved at bruge helgenomsekventering kan forskere hurtigere kæde mange flere tilfælde af fødevarebårne sygdomme sammen med et udbrud. DTU Fødevareinstituttet arbejder på at gøre data fra helgenomsekventering bredt tilgængelige via globale databaser.
Læs mere
Brugen af helgenomsekventering i efterforskningen af fødevarebårne udbrud er nærmere beskrevet i to artikler i Pan European Networks Science & Technology: Foodborne outbreaks, not the whole story og Microbiology 2.0. Artiklen er skrevet af tidligere institutdirektør fra DTU Fødevareinstituttet Jørgen Schlundt, som nu er professor ved DTU Management Engineering.
DTU Fødevareinstituttet er med i netværket Global Microbial Identifier, som arbejder på at skabe et globalt system af databaser for helgenomsekventering. Databaserne skal anvendes til at identificere og diagnosticere sygdomsfremkaldende mikroorganismer og infektionssygdomme. De gør det også muligt at sammenligne data med information om udbrud og nye sygdomsfremkaldende mikroorganismer.