Forskere fra DTU Fødevareinstituttet har i samarbejde med amerikanske og nepalesiske forskere vist, at koleraudbruddet efter jordskælvet i Haiti i 2010 stammer fra Nepal. Forskerne har sammenlignet den komplette arvemasse fra kolerabakterier fra Haiti og Nepal, og de ser et klart sammenfald. Resultaterne viser styrken ved at bruge de nyeste teknologier til komplet analyse af sygdomsfremkaldende bakteriers DNA til at spore smittekilder.
I dag tager det en uges tid at bestemme de fleste sygdomsfremkaldende bakteriers art, type og resistens over for antibiotika. Det er nødvendige informationer for at kunne diagnosticere og behandle infektioner.
Koleraudbrud efter naturkatastrofer
Samtidig er sygdomme sjældent udelukkende et nationalt fænomen. Gammelkendte sygdomme som kolera er fortsat ret udbredte, og der kommer ofte udbrud efter naturkatastrofer - som ved jordskælvet i Haiti i 2010. Selv om udbruddet i Haiti i dag er delvist under kontrol, har næsten 400.000 mennesker været ramt af kolera, og sygdommen har kostet mere end 5.500 mennesker livet.
Umiddelbart efter udbruddet gik der rygter om, at det var nepalesiske soldater fra FN’s fredsbevarende styrker, der bragte sygdommen til Haiti. Rygterne er ikke tidligere blevet bekræftet. Men de nyeste resultater fra DTU Fødevareinstituttet, den amerikanske organisation The Translational Genomics Research Institute og det nepalesiske National Public Health Laboratory viser nu, at koleraudbruddet med stor sandsynlighed stammer fra Nepal.
"Vi håber, vi kan lære af vores resultater ved fremtidige naturkatastrofer, så man kan minimere risikoen for udbrud af smitsomme sygdomme. En måde at forhindre udbrud på kan være at screene nødhjælpsarbejderne for smitsomme sygdomme, inden de bliver sendt til katastrofeområder", siger forsker Rene S. Hendriksen fra DTU Fødevareinstituttet.
Kortlægning af bakteriers arvemasse viser smittekilde
Forskerne har brugt nye teknologier til at kortlægge kolerabakteriernes DNA – deres arvemasse. De har kortlagt hele bakteriens arvemasse og har sammenlignet DNA fra 24 koleraprøver fra fem forskellige distrikter i Nepal med 10 prøver fra Haiti. De 24 prøver fra Nepal var alle meget ens, men kunne med den nye teknologi inddeles i fire typer. Én af disse typer matchede prøverne fra udbruddet i Haiti. Forskerne ser kun afvigelser to steder i hele arvemassen mellem de to bakteriestammer. Det er en klar indikation af, at udbruddet i Haiti stammer fra Nepal.
"Det her er starten på en ny generation avancerede molekylære undersøgelser, hvor vi kortlægger hele bakteriens arvemasse og bruger den information til at finde smittekilden til udbrud af smitsomme sygdomme. Det vil forkorte diagnosetiden og gøre det muligt at sætte ind med en mere effektiv behandling meget hurtigere end hidtil", forklarer Rene S. Hendriksen.
Store globale perspektiver
"Opsporing af smittekilder kræver global udveksling af information og samarbejde. Det var nødvendigt at bruge både klassiske metoder og de nyere DNA-metoder til at nå frem til den konklusion, at koleraudbruddet i Haiti stammer fra Nepal", siger professor og forskningsleder Frank Møller Aarestrup fra DTU Fødevareinstituttet.
Frank Møller Aarestrup leder Center for genomisk epidemiologi på DTU. Det er centerets vision, at det inden for de næste 10 år bliver muligt hurtigt at analysere DNA fra sygdomsfremkaldende bakterier via en internetbaseret løsning, som samtidig samler og viser resultater om art, type og antibiotikaresistens på netbaserede verdenskort.
"Udgifterne til at kortlægge bakteriers fulde arvemasse bliver hele tiden mindre, samtidig med at vi hurtigere og hurtigere kan foretage kortlægningen. Hvis vi kombinerer det med avancerede statistiske metoder, er det en af de mest virkningsfulde metoder til at bekæmpe og forebygge smitsomme sygdomme, man kan forestille sig", påpeger Frank Møller Aarestrup.
Læs mere
Resultaterne ovenfor er offentliggjort i tidsskriftet mBio: Population Genetics of Vibrio cholerae from Nepal in 2010: Evidence on the Origin of the Haitian Outbreak.
Find også mere information om Center for genomisk epidemiologi på http://www.genomicepidemiology.org/.
Kontakt
Professor og forskningsleder Frank Møller Aarestrup, fmaa@food.dtu.dk, tlf. 35 88 62 81
Forsker Rene S. Hendriksen, rshe@food, tlf. 35 88 62 88