Foto: Joachim Rode

"Vi er nødt til at spille på den store boldbane"

fredag 04 dec 15

Kontakt

Frank Møller Aarestrup
Professor, afdelingschef
DTU Fødevareinstituttet
35 88 62 81

Læs også

Professor Frank Aarestrup forstår ikke tanken om, at Danmark skulle være sig selv nok. ”Vi er en del af verden på godt og ondt,” mener han. Og han har som mål at etablere et globalt overvågningssystem, som kan give menneskeheden bedre kort på hånden i kampen mod sygdomsfremkaldende mikroorganismer.

Mennesker har altid været under angreb fra bakterier, virus og parasitter.

Mikroorganismerne tager ophold i os et stykke tid, anretter forskellige former for skade og bruger os som springbræt til nye værter. Jo flere mennesker, vi bliver på jorden, jo lettere har de ved at sprede sig, så vi er mere truede nu end nogensinde før. Vi har godt nok fået fremragende våben som vacciner og antibiotika, men mikroorganismerne forstår at tilpasse sig, og den skade, de anretter, har stor betydning for vores velfærd og samfundsstruktur. Så hvordan kan vi styrke vores position i denne krig? Det har professor Frank Aarestrup fra DTU Fødevareinstituttet et bud på:

”Det gælder om at kende sin fjende. Den russiske kejser og hans allierede tabte slaget ved Austerlitz, fordi de ikke vidste nok om, hvor og hvor stærk Napoleons hær var. Så man skal kende sin fjende og vide, hvor han er. 99,9 procent af de sygdomme, der opstår, kommer fra andre lande; vores fødevarer eksporteres, og vi importerer selv en stor del af det, vi spiser, ligesom vi rejser meget. Så vi må ud på den store boldbane og finde en måde at skaffe os viden om mikroorganismerne, før de når at sprede sig.”

Den russiske kejser tabte slaget ved Austerlitz, fordi han ikke kendte sin fjende, Napoleon. Bakterier er fjender, man bør kende, mener Frank Aarestrup    Foto Joachim Rode

Gensekventering giver håb

Inden for de seneste ti år er et nyt våben dukket op. For en stadig mindre sum penge kan man nu lave de såkaldte helgenomsekventeringer, som giver en entydig og universel beskrivelse af mikroorganismerne ved hjælp af bogstaverne A, T, C, og G. Udstyret til at lave gensekventeringer er på vej til at blive så billigt og enkelt, at det kan nå ud til mindre laboratorier over hele verden. Og det er her, professoren med det globale udsyn slår til. Han tegner en mand, en kasse og pile, der går begge veje imellem dem, og forklarer:

"Den globale løsning skal nok komme, selvom det tager længere tid, end jeg havde regnet med."
Frank Aarestrup, professor, DTU Fødevareinstituttet

”Min idé er såre simpel. En person i et laboratorium et sted i verden har en masse data indsamlet fra syge mennesker. Han kan godt sekventere sine prøver, men for at få mening i de store datamængder har han brug for en bioinformatiker. Med internettet er den person kun et klik væk, så laboranten sender sine data af sted og får svar tilbage inden for få timer om, hvilken mikroorganisme der er tale om. Kassen er en supercomputer her på DTU, som kan lave de omfattende beregninger på gensekvenserne, og den kan samtidig gemme store mængder data. Så vi kan skumme fløden; og hvis vi kan få hele verden til at bruge dette system, har vi pludselig en global overvågning.”

Selv om han ikke kunne love mere end fem procents chance for succes, fik Frank Aarestrup i 2009 penge fra Det Strategiske Forskningsråd til at afprøve idéen og oprette Center for Genomic Epidemiology. Det lykkedes også at bevise dens holdbarhed, men for at komme videre med den, skulle der skaffes flere penge. Idéen blev præsenteret for Europa-Kommissionen ved et møde, hvor også U.S. Food and Drug Administration var med, og amerikanerne gik direkte hjem og realiserede den. De investerede 40 mio. kr. og etablerede programmet GenomeTrakr, som er blevet en stor succes, men ikke den globale service, Frank Aarestrup havde drømt om.

”Om de huggede idéen? Det kan man jo sige, men for mig er det vigtigere, at den faktisk blev implementeret og kom nogen til gavn,” siger han.

Efterhånden lykkedes det dog også Frank Aarestrup at skaffe EU-finansiering til et større projekt, Compare, hvis mål er at udvikle den globale platform. Og han er stadig optimist.

”Den globale løsning skal nok komme, selv om det tager længere tid, end jeg havde regnet med. Der er en masse forhindringer, som skal overkommes i forbindelse med blandt andet datadeling; et følsomt område, både for lande og enkeltindivider.”

Lort er guld

Netop problemerne med at dele data fik Frank Aarestrup til at tænke i alternativer. I stedet for at se på sygdomsfremkaldende mikroorganismer i det enkelte individ, kunne man måske lede efter dem i deres efterladenskaber ved simpelthen at totalsekventere spildevand.

For at afprøve den idé søgte han penge til et forsøg med spildevand fra Herlev Hospital. Og mens han ventede på svar, dukkede en ny idé op.

”Min samarbejdspartner fra Center for Biologisk Sekvensanalyse på DTU, professor Thomas Sicheritz-Pontén og jeg sad en dag og snakkede løst og fast, blandt andet om lufthavne, som jo er et sted, hvor folk fra hele verden mødes. Vi kom til at tænke på, at man kunne tage prøver fra lufthavnens kloaksystem og dermed få et fantastisk grundlag for at finde ud af, hvor meget information om sygdomme, der gemmer sig i folks lort.”

”Vi er ikke helt enige om, hvem der gik skridtet videre og fandt på, at prøverne skulle tages direkte fra flyene; vi mener begge, at det var den anden. Men vi besluttede hurtigt at gøre et forsøg. Jeg fik kontakt til SAS, og de indvilligede straks i at hjælpe med at tage 18 prøver.”

”Nu har vi så vist, at det kan lade sig gøre at hente værdifuld information ud af sådanne prøver, og vi har fået mange både positive, men også mere skeptiske reaktioner på vores artikel. Nogle mener, at vi har taget munden for fuld ved at sige, at dette vil kunne ændre paradigmet for sygdomsforebyggelse. Der skal selvfølgelig samles mange flere prøver over en længere tidsperiode for at vise, om det giver mening at bruge penge på at forudsige sygdom for mennesker ved at analysere indholdet af flytoiletterne. Men jeg ville ønske, at nogen tog idéen op.”

”Jeg ville også gerne selv gøre det, men hvis det virkelig skulle batte, skulle vi samle prøver fra lufthavne i hele verden, og det har jeg ikke kontakterne til. At etablere en sekvensmaskine og laboratoriefolk i 14 lufthavne, det er for omkostningsfuldt til et almindeligt universitetsprojekt.”

”Vi kan sagtens komme op med mange sjove idéer på universitetet, men det svære er at få dem ud i den virkelige verden. Hvis det amerikanske Homeland Security kom og spurgte, om jeg ville hjælpe dem med at implementere idéen, ville jeg da overveje det, men kun hvis jeg fik sikkerhed for, at data forblev åbne. Man kan også købe guld for dyrt. Jeg vil kun bruge min tid på noget, der rent faktisk kan gøre en forskel for verden.”

Læs mere på compare-europe.eu