Graphic: National Food Institute. Similarity between farms in relation to resistance profiles.

Mere antibiotikaresistens i svin end i kyllinger i Europa

tirsdag 23 okt 18

Kontakt

Patrick Munk
Postdoc
DTU Fødevareinstituttet
35 88 71 83

DTU har i det hidtil største metagenomstudie af landbrugsdyr fundet mere antibiotikaresistens i svin end kyllinger, men flere forskellige resistensgener blandt kyllingerne.

Behandling af dyr med antibiotika kan føre til udvikling af resistente bakterier, som kan sprede sig til mennesker både gennem fødekæden og ved dyrekontakt. Uden solide data, der viser, hvor, hvilken og hvor meget antibiotikaresistens, der findes, er det hverken muligt at bekæmpe resistente bakterier i dyrene eller vurdere effekten af politiske tiltag, der skal begrænse forekomsten af resistens.

På grund af den erkendelse har Danmark i mere end 20 år haft overvågningsprogrammet DANMAP, der bl.a. overvåger forekomsten af antibiotikaresistens og -forbrug i landbrugsdyr og mennesker.

De nuværende overvågningsmetoder viser imidlertid kun toppen af isbjerget, fordi de er baseret på isolering og dyrkning af specifikke sygdomsfremkaldende mikroorganismer og bestemmelse af forekomsten af resistens i netop de organismer.

Nye metoder giver enorme datasæt

Metagenomsekventering kan derimod give et langt mere detaljeret billede af resistenssituationen, fordi metoden kortlægger alt DNA-materiale i en prøve og ikke kun de organismer, man har udvalgt. På den måde kan forskere opdage resistens i organismer, som de ikke vidste fandtes.

Forskere fra DTU Fødevareinstituttet har stået i spidsen for det hidtil største metagenomstudie af landbrugsdyr og sammen med europæiske forskerkolleger afdækket hvor meget og hvilken type resistens, der findes i svin og fjerkræ i Europa.

I studiet er DTU-supercomputeren Computerome brugt til at analysere DNA-sekvenser fra mere end 9.000 svin og kyllingers afføringsprøver indsamlet på 359 gårde i ni europæiske lande. Det har resulteret i sekvensering af mere end 5.000 milliarder DNA-nukleotider, hvilket svarer til mere end 1.500 menneskegenomer.

Både kendte og uventede resultater

”Som tidligere set i studier af individuelle bakteriearter, har vi fundet en sammenhæng mellem forbrug og resistens. Der er således – ikke overraskende – påvist mindre resistens på gårde i Danmark og Holland, hvor landmændene bruger mindre antibiotika, end i de syv andre lande,” siger postdoc Patrick Munk fra DTU Fødevareinstituttet.

"Et digitalt arkiv af metagenomisk data fra produktionsdyr har stor værdi, og vi anbefaler derfor, at resistensovervågningsmetoder baseret på metagenomsekvensering bliver indført som supplement til den eksisterende rutinemæssige resistensovervågning."
Postdoc Patrick Munk

”Det er til gengæld overraskende, at vi finder mere resistens hos svin sammenlignet med kyllinger, men flere forskellige typer resistensgener blandt kyllinger. Vi observerede også en stor forskel på resistensprofilerne fra land til land, som både skyldes forskelle i antibiotikaforbrug, forskelle i bakteriesammensætningen og måske andre ukendte faktorer,” fortsætter han.

Forskerne har også kunnet bruge analyseresultaterne til at bestemme spredningen af individuelle, problematiske resistensgener som eksempelvis mcr-1, der giver resistens mod antibiotikummet colistin. Analysen viser, at mcr-1 forekommer hyppigst blandt bulgarske og italienske kyllinger.

Metagenomstudiers potentiale

Rådata kan i modsætning til traditionelle analysemetoder også genbruges i fremtiden til at undersøge andre problematikker. I takt med at forskere løbende opdager flere resistensgener, kan de således genbruge rådata fra metagenomsekventeringsstudier til at afdække, hvorledes de er opstået og har spredt sig.

”Et digitalt arkiv af metagenomisk data fra produktionsdyr har stor værdi, og vi anbefaler derfor, at resistensovervågningsmetoder baseret på metagenomsekvensering bliver indført som supplement til den eksisterende rutinemæssige resistensovervågning,” siger Patrick Munk.

Læs mere

Studiet er gennemført i samarbejde med kollegaer fra det EU-finansierede projekt EFFORT. Resultaterne er nærmere beskrevet i en artikel i det videnskabelige tidsskrift Nature Microbiology: Abundance and diversity of the faecal resistome in slaugter pigs and broilers in nine European countries.

Til studiet er prøver indsamlet fra Belgien, Bulgarien, Danmark, Frankrig, Holland, Italien, Polen, Spanien og Tyskland.

Læs mere om, hvordan DTU Fødevareinstituttets forskning inden for DNA-sekventeringsteknikker er med til at fastsætte internationale standarder for påvisning, overvågning og studier af global spredning af sygdomsfremkaldende mikroorganismer og antibiotikaresistente bakterier.

http://www.food.dtu.dk/nyheder/sygdomsfremkaldende-mikroorganismer/nyhed?id=0D8BF2E9-4665-4280-A361-ED147B691B9F
16 NOVEMBER 2018