Efter en række ændringer op gennem 90’erne og 00’erne er det nationale danske system for fødevaresikkerhed og ernæring nu landet i en klar separering af risikovurdering og risikohåndtering. En separation der længe har været advokeret internationalt (bl.a. af WHO og FAO).

Det betyder blandt andet, at mens håndteringen (regler, kontrol etc.) ligger i Fødevarestyrelsen, ligger den videnskabelig vurdering af risici, samt den forskningsbaserede vurdering af overvågningsdata nu i Fødevareinstituttet, Danmarks tekniske Universitet.

Denne adskillelse er med til at sikre uafhængighed i den videnskabelige beskrivelse af problemer og løsningsmuligheder samt effektivitet og forskningsbaggrund i myndighedsbetjeningen. Systemet bliver således gennemskueligt og effektivt.

For at kunne tilbyde denne forskningsbaserede rådgivning bliver Instituttet nødt til at forske. Den nye placering under et af de nye store danske Universiteter Danmarks Tekniske Universitet (DTU) har medvirket til en yderligere styrkelse af DTU Fødevareinstituttets forskningskapacitet.

Instituttet udfører forskning både inden for mikrobiologisk og kemisk risikovurdering, men også inden for fødevareproduktion og ernæring. Tilgangen til fødevarer er således holistisk og inkluderer såvel viden om produktionsformer som viden om positive og negative sider af vor mad.

Denne viden om negative sider af kemiske stoffer i maden (toksikologi) betyder, at Instituttet også kan rådgive andre styrelser med interesser på det kemiske område. Dette gælder især Miljøstyrelsen, der modtager forskningsbaseret rådgivning om farlige stoffer i miljøet. Det betyder, at Instituttet i bredt omfang kan medvirke ved helhedsbetragtninger af kemiske stoffers sundheds-effekter fra alle relevante kilder, fødevarer og miljø.

Fødevareinstituttets forskning er anerkendt nationalt såvel som internationalt, hvilket blandt andet betyder, at Instituttet er WHO Collaborating Centre på flere områder, samt inkluderer en række EU reference laboratorier. Instituttets medarbejdere medvirker ligeledes i såvel EU (EFSA) som WHO/FAO ekspert komiteer.