Der findes adskillige metoder til at analysere data fra helgenomsekventering, men der er ikke udpeget én bestemt, som kan bruges universelt til at bestemme salmonellabakteriers type. Et ph.d.-projekt i DTU Fødevareinstituttet har vurderet, hvilke metoder der er bedst egnede til forskellige formål og udviklet et online analyseredskab, som kan bruges til at bestemme forskellige bakteriers type.
I Danmark er salmonella den næsthyppigste årsag til fødevarebårne sygdomme, og på verdensplan er det en af de mest almindelige fødevarebårne sygdomsfremkaldende mikroorganismer.
For at få gode resultater fra ’real-time’ overvågning og identifikation af udbrud er hurtig og pålidelig bestemmelse af bakterietypen afgørende. Teknologier til såkaldt typning af bakterier er blevet gjort hurtigere og billigere på grund af helgenomsekventering – en proces som på én gang kortlægger en bakteries fuldstændige DNA-kode af hele arveanlægget.
Evaluering af metoder til typning af salmonella
I et ph.d.-projekt ved DTU Fødevareinstituttet har Pimlapas Leekitcharoenphon evalueret styrker og svagheder ved forskellige metoder til helgenomsekventering i efterforskningen af salmonellaudbrud sammenlignet med den traditionelle metode, som er baseret på typning af enkelte DNA fragmenter.
I et af projektets studier er 18 forskellige salmonellastammer fra seks tidligere udbrud brugt til at afgøre, hvilken metode der er bedst egnet alt efter formålet - fx til at bestemme bakteriens art, underart og serotype eller til at finde sammenhæng mellem smittekilder og udbrud.
Udvikling af online typningsredskab
Projektet har vist, at analyse af forskelle i enkelte nukleotider, som er forskelle i DNA’ets byggesten, er den bedst egnede helgenomsekventeringsmetode til udbrudseftersporing af salmonella. Arbejdet har desuden vist, at der ikke findes simple, automatiske redskaber, der kan analysere data om de enkelte nukleotid-forskelle og derudfra konstruere et såkaldt fylogenetisk træ. Et fylogenetisk træ er et diagram, der viser slægtskabet mellem forskellige bakterier.
Derfor har Pimlapas Leekitcharoenphon - som en del af sin afhandling - udviklet et online analyseredskab. Redskabet kan hurtigt producere en standardiseret og automatisk analyse, der viser enkelte nukleotid-forskelle ved hjælp af bakteriers helgenomsekventeringsdata.
Det gratis redskab er bare ét af mange udviklet af DTU Fødevareinstituttets Center for Genomisk Epidemiologi, som giver brugere med begrænset erfaring indenfor bioinformatik adgang til bioinformatiske redskaber, der kan producere rapporter i et letforståeligt sprog.
Læs mere
Download et resume af Pimlapas Leekitcharoenphons ph.d.-afhandling: Whole Genome Epidemiological Typing of Salmonella (pdf).
En kopi af ph.d.-afhandlingen er tilgængelig i DTU Fødevareinstituttet. Når artiklerne i afhandlingen er publiceret, bliver hele afhandlingen tilgængelig fra www.food.dtu.dk. Send en mail til food@food.dtu.dk, hvis du ønsker at få besked, når det sker.
Den gratis snpTree server er tilgængelig via websitet for DTU Fødevareinstituttets Center for Genomisk Epidemiologi, som har finansieret Pimlapas Leekitcharoenphons ph.d.-projekt. På websitet findes alle de redskaber, som centret har udviklet, deriblandt en opdateret version af snpTree samt et nyt lignende redskab, CSI Phylogeny.