I henhold til EU’s zoonsedirektiv Direktiv 2003/99/EC er alle EU medlemslande forpligtet til at sikre en effektiv overvågning of zoonoser, forekomsten af antibiotikaresistens og undersøge fødevareoverførte udbrud. For nogle zoonoser er der EU harmoniserede overvågningsprogrammer for eksempel salmonella i fjerkræ og for at vurdere udviklingen af de indsatser, er der harmoniserede krav til rapporteringen.
Den Europæiske Fødevaresikkerhedsautoritet, EFSA, varetager opgaven med indsamling af data fra de nationale overvågningsprogrammer, EU baseline studier, fødevareoverførte udbrud, antibiotikaresistens med mere og vedligeholder databasen, som indeholder alle data. Resultaterne fra overvågningen bliver offentliggjort i årlige rapporter om forekomsten af zoonoser, fødevareoverførte udbrud og antibiotikaresistens i EU.
Fra 2004-2010 var Zoonosecentret i DTU Fødevareinstituttet samarbejdscenter for EFSA på zoonoseområdet og hjalp EFSA med udarbejdelse af den årlige rapport. Rapporten bliver udarbejdet i samarbejde med Det Europæiske Center for Forebyggelse af og Kontrol med Sygdomme, ECDC. Rapporten indeholder humane data, data fra primær- og fødevareproduktionen samt data om fødevareoverførte udbrud. Data fra resistensovervågningen bliver rapporteret i en separat rapport.